重返地热山谷西北侧山脊是进入被淹没的档案室的关键，你需要从获取亚特兰蒂斯地图的那个观测站的右侧利用滑索垂直下降，并使用爆炸物炸开一扇挡路的木门，这样才能正式进入档案室的探索区域。进入大厅后，首要目标是获取阿特拉斯地图，但在此过程中会遭遇敌人，场景中分布的希腊火罐可以作为有效的战斗资源。清理完初始敌人后，后续区域会出现配备重甲和火焰喷射器的敌人，利用环境中的爆炸物和合理的战术位置进行应对是顺利推进的前提。
档案室内的核心谜题是使用希腊火破坏三处雕像基座，总共需要进行三次爆破操作。第一处支座位于大厅附近，通常旁边就有可用的希腊火罐，直接引爆即可。第二处支座需要你游泳到水池对岸，操作一个闸门释放漂浮的希腊火罐，并引导其通过水道；你需要用套索箭连接罐子与岸边的木桩来调整其漂流方向，确保罐子能顺利抵达支座旁边再将其引爆。第三处则涉及一个天平机关，操作步骤相对复杂：先射击摇臂将其拉近，绑定一个火罐使其一端下沉，然后将另一侧的摇臂也拉近并绑定第二个火罐以使天平恢复平衡，最后转动机关并将绳索割断，火罐便会沿预定路径滚落并摧毁最后一个支座。
你会经过一段燃烧的水道，此时必须连续加速潜泳以通过危险区域，并注意避开可能爆炸的油桶。成功穿过该区域后，可以在一个换气点找到一具敌人尸体，从中获得无限潜水呼吸器，这件装备将极大扩展你在水下的行动能力。你便正式进入被淹没的档案室的主区域，开始着手解决雕像支座的爆破谜题。
成功破坏全部三处支座后，巨大的雕像会按照预定方向倒塌，从而在水池中形成一道可以通行的斜坡或桥梁，这是你离开档案室封闭区域、继续推进进度的唯一通路。通过这条新生成的路径，你可以前往后续的地图区域，同时这也意味着档案室的核心流程挑战基本完成。
