倭寇入侵是需要玩家在松江府地图中进行重点防御的特殊玩法。倭寇会瞄准已修复的南北仓城，对其中储存的物资进行掠夺，这是一种随机发生的事件，没有固定的时间规律，因此需要玩家时常留意游戏内的状态。成功抵御倭寇的入侵，是保护仓城储备物资、避免损失的关键。
抵御倭寇的核心玩法类似于在一个棋盘格上与对手进行竞赛。玩家只能在相邻的格子之间移动，目标是以最快速度抵达位于路径末端的据点并完成防御部署，从而阻止倭寇前进并进行破坏。我方与倭寇在各自的行进道路上同步前进，形成一种竞速关系，如果玩家的行动速度落后于倭寇，导致被其抢先到达或反超，仓城中的资源便会被劫掠一空。
具体的布防操作需要派遣居民前往执行。当点击可以移动的格子后，游戏会弹出防御部署的窗口，此时选择布防即可。为了提高效率，应当优先派遣那些擅长探险属性的特殊居民，他们可以显著减少完成布防所需的时间。每成功布防一格，我方就可以前进一格，如此反复操作，直至完成所有格子的防守。在布防过程中，玩家可以随时点击正在工作中的居民，使用加速道具或补天石来立即完成当前格子的任务，以争取时间优势。
某些格子会触发随机事件。这些事件会要求玩家解决一个小问题，通常需要消耗特定的物资或额外的时间。这意味着，为了能够顺利解决这些随机事件而不被拖延，玩家需要在自己的仓库中提前储备种类齐全、数量充足的各类生产资源。充分的物资准备是保证布防流程不被意外中断、能够一气呵成完成的基础。
当玩家成功地在倭寇占领倒计时结束前，完成所有格子的布防并抵达终点，即可宣告成功抵御倭寇。此时系统会提示仓库防御稳固，玩家能够获得包括铜钱在内的多种奖励。之后如果时间仍有剩余，玩家还可以选择继续进行布防来获取额外的奖励。成功抓捕到的倭寇会被关入牢房，通过审讯他们也能得到不错的回报。整个过程是对玩家资源调配、居民调度和时机把握能力的综合考验。
